經顱磁刺激（TMS）的收費編碼、金額及醫保情況在不同地區不同醫院均有所不同，需查詢當地的診療項目目錄。以下是部分省市經顱磁治療相關收費編碼舉例：
地方 | 收費項目 | 收費編碼 | 收費標準（三甲醫院） |
上海 | 經顱重復磁刺激治療抑郁癥 | N30000005 | 110 元/次 |
江蘇 | 經顱磁刺激治療 | 311503011-a | 130 元/次 |
四川 | 經顱重復磁刺激治療 | LEEZX006 | 88 元/次 |
浙江 | 經顱磁刺激治療（TMS） | 31150390100 | 60 元/次 |
| 廣東 | 經顱重復磁刺激治療 | 311503011-1 | 125 元/次 |
湖南 | 經顱重復磁刺激治療 | 310100036 | 110 元/次 |
河南 | 經顱磁刺激治療 | 340100036 | 60 元/次 |
江西 | 重復經顱磁刺激TMS 治療 | 311503031 | 83 元/次 |
重慶 | 經顱磁刺激診斷（TMS） | FBC03716 | 121 元/次 |
經顱磁刺激語言功能區定位 | FBC01701 | 96.8 元/次 | |
經顱重復磁刺激治療 | KBA32701 | 121 元/次 | |
陜西 | 運動誘發電位（磁刺激器） | 310100010b | 110 元/次 |
經顱重復磁刺激治療 | 310100010c | 120 元/次 | |
新疆 | 經顱重復磁刺激治療 | 310100036 | 106 元/次 |
青海 | 經顱磁刺激語言功能區定位 | FBC01701 | 60 元/次 |
經顱磁刺激診斷（TMS） | FBC03716 | 未說明 |
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